Visión general
La carga mutacional tumoral (TMB) es una medida del número de mutaciones que porta el genoma de una célula tumoral. Al comparar las secuencias de ADN del tejido sano y las células tumorales de un paciente, y mediante el uso de varios algoritmos complejos, los científicos pueden determinar el número de mutaciones somáticas adquiridas presentes en los tumores pero no en los tejidos normales. 1 NGS es el método principal empleado para medir TMB, ya sea a través de paneles dirigidos o secuenciación del exoma completo (WES); 2, esta última se considera hoy en día la medida de referencia .
Sin embargo, la aplicación clínica de TMB para la decisión de tratamiento IO enfrenta desafíos actuales, como (a) la falta de estandarización en las mediciones de TMB en diferentes paneles NGS, y (b) la falta de estándares de referencia calificados para proporcionar datos de verdad sobre el terreno para armonizar estas mediciones. Para abordar estos desafíos, las organizaciones de defensa en los EE. UU. Y la UE se están coordinando con las partes interesadas de la industria para alinear las puntuaciones de TMB observadas en los diferentes paneles de NGS específicos de TMB. Estas iniciativas son fundamentales para garantizar un acceso más amplio a los ensayos basados en NGS validados analíticamente como herramientas de apoyo clínico para pacientes con cáncer, hospitales de tratamiento del cáncer y fabricantes de medicamentos.
LGC SeraCare es miembro del Proyecto de Armonización de TMB dirigido por el consorcio Friends of Cancer Research (FoCR) 3 que trabaja para armonizar la variabilidad en las mediciones de TMB en diferentes paneles NGS específicos de los derivados utilizando la secuenciación del exoma completo (WES) estándar de oro. En esta función, LGC SeraCare fue el único proveedor de estándares de referencia de TMB para los miembros participantes, 4 convirtiéndose en el primer proveedor de la industria de materiales de referencia de ensayo de TMB. 5 Además, LGC SeraCare se asoció con los principales expertos de la industria en el desarrollo de ensayos NGS y bioinformática 6 para construir los estándares de referencia TMB más validados de manera integral.
Desarrollo y caracterización de estándares de referencia TMB
Los formatos de ADN genómico y FFPE de los materiales de referencia TMB de SeraCare se formularon como se describe en la Figura 1, a partir de líneas de células humanas enfermas y sus líneas celulares normales emparejadas, en un conjunto 100% normal de tumor (controles de gDNA TMB) o una mezcla de tumor al 30% ( Controles FFPE TMB). 7 En la Figura 2 se muestra el esquema del proceso de análisis bioinformático para la determinación de la puntuación TMB, y en la Figura 3 se muestran los resultados de una evaluación de varios laboratorios de estos materiales utilizando paneles NGS específicos de los laboratorios de los miembros del Grupo de Trabajo LGC SeraCare TMB. 6
Mediciones de TMB por secuenciación del exoma completo (WES)
El análisis de secuenciación del exoma completo del ADNg extraído del tumor y las líneas celulares normales se realizó utilizando el kit de enriquecimiento Agilent SureSelect Exome secuenciado en un sistema ILMN Novaseq 6000 NGS. Las métricas de secuenciación típicas para el tumor y las muestras normales se muestran en la Tabla 1 a continuación. El análisis de variantes (Figura 2) y la puntuación de TMB se dedujeron como se describe en las recomendaciones del proyecto de la Fase I del FOCR. 9
Puntuaciones TMB por WES y puntuaciones anotadas derivadas mediante paneles de NGS dirigidos
Productos Seraseq ® TMB
